Ruby, une lièvre japonaise Jewelpet, est entrée à la célèbre Académie de Magie pour étudier. Son examen d'entrée consiste à trouver un humain dont les sentiments correspondent aux siens. Elle a été envoyée dans le monde des humains d'une manière bien malheureuse. Dans le monde des humains, Akari Sakura, une fillette de 12 ans, se rend à l'école pour son premier jour. Elle rencontre Ruby sur la plage. À cause de sa magie, Akari est en retard en cours après être tombée à l'eau avec Ruby. Ruby commence à comprendre à quel point sa vie est misérable en la suivant à l'école, la voyant même gênée par Yuuma, sa camarade de classe et amoureuse. Elle s'excuse plus tard chez elle et découvre que les sentiments d'Akari correspondent aux siens lorsqu'un charme de joyau est apparu de nulle part. Ruby emmène ensuite Akari à son lieu de résidence d'origine, Jewel Land. Ruby et Akari passent toutes deux à l'Académie de Magie.
