Jaren na de gebeurtenissen van Megazone 23 II is de enige stad op aarde het zogenaamd idyllische Eden. Daar woont Eiji Takanaka, een B Level-hacker die zojuist is toegelaten tot EX, de organisatie die Eden controleert. Maar vóór zijn eerste werkdag raakt hij verwikkeld in een netwerkoorlog, een legendarisch figuur genaamd EVE, en een complot om de aarde opnieuw te bewonen.
